Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения "Центр гигиены и эпидемиологии №58 Федерального медико-биологического агентства" создано на основании приказов Федерального управления «Медбиоэкстрем» от 01.07.1999 г. № 35-з «О реорганизации санитарно эпидемиологической службы Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации», от 26.10.2001 г. № 100-з «О реорганизации ЦМСЧ № 58 и создании государственного учреждения здравоохранения «Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора №58 Федерального медико-биологического агентства» в соответствии с приказом Федерального медико-биологического агентства от 19.04.2005 г. № 128 «О внесении изменений к уставу ГУЗ «Центр Госсанэпиднадзора №58 Федерального управления «Медбиоэкстрем», переименовано в Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии № 58 Федерального медико-биологического агентства», в соответствии с приказом Федерального медико-биологического агентства от 28.09.2005г. № 320 "О переименовании ФГУЗ ЦГСЭН ФМБА России", переименовано приказом Федерального медико-биологического агентства от 27.05.2011 г. № 238у и является правопреемником переименованных учреждений.
